Comandamentul Forțelor Întrunite „General Ioan Emanoil Florescu’’ continuă tradiția unor structuri de comandă cu misiuni similare, care au existat în Armata României începând cu anul 2000. Prima dintre acestea, Comandamentul 2 Operațional Întrunit, a funcționat în garnizoana Buzău pân? în martie 2004 și a avut ca obiectiv principal, sprijinirea activităților desfășurate în scopul aderării României la Alianța Nord-Atlantică. Începând cu iauarie 2003, acesta a exercitat conducerea operațională a structurilor militare dislocate în teatrele de operații din Balcanii de Vest, Irak și Afganistan, fiind transformat în Comandamentul Operațional Întrunit în martie 2009, pentru ca în aprilie anul următor să devină Centrul de Conducere Operațională. Misiunea principală a acestor structuri a rămas conducerea operațională a contingentelor românești dislocate în afara teritoriului național, dar exercitarea atribuțiilor s-a realizat dintr-o nouă locație din garnizoana București. Cea mai importantă transformare a avut loc la 01 octombrie 2014, când Centrul de Conducere Operațională a devenit Comandamentul Forțelor Întrunite.
În data de 10 noiembrie 2017, Comandamentul Forțelor Întrunite a primit Drapelul de Luptă.
Armata României, prin Comandamentul Forțelor Întrunite, contribuie la creșterea prestigiului national și a capacității României de a-și asuma obiectivele ce-i revin, precum și la efortul de pregătire și instruire în domeniul apărării pe plan national.
Comandamentul Forțelor Întrunite susține procesul de planificare și conducere a exrci?iilor și operațiilor întrunite de nivel operativ desfășurate pe teritoriul national, independent sau în comun cu structure militare din țări membre NATO sau coaliție.
În anul 2021, pe durata exercițiului DACIA 21, comandamentul a atins Capacitatea Operațională Inițială (IOC), iar în anul 2022, odată cu exercițiul HISTRIA 22, Capacitatea Operațională Completă (FOC).