Misiunea Comandamentului Forțelor Întrunite este de a exercita funcțiile de planificare, conducere și coordonare ce revin eșalonului de nivel operativ din Armata României.

Una din responsabilitățile de bază ale Comandamentului este de a exercita comanda operațională asupra unităților, subunităților și personalului militar participant la misiuni și operații în afara teritoriului național. Pentru îndeplinirea aceasteia, comandamentul este implicat în evaluarea pregătirii predislocare a acestor contingente, emiterea ordinelor de misiune, direcționarea permanentă a activității în teatrul de operații și coordonarea activităților de sprijin necesare. Deasemenea, personalul comandamentului răspunde de planificarea și executarea excercițiilor de nivel operativ din Armata României, cu preluarea temporară a comenzii operaționale a forțelor participante la activitățile de instruire colectivă. Comandamentul exercită prin Componentele operaționale din subordinea Statelor Majore ale Categoriilor de Forțe și a Comandamentelor de sprijin, controlul operațional al forțelor și mijloacelor care execută serviciu de luptă permanent, cu excepția SLPPA – Poliție Aeriană.